Otros problemas, sin embargo, siguen apareciendo. A mediados de los ochenta mastozoologos marinos comenzaron a mostrar una fuerte preocupación por el estado de la población de la vaquita (Phocoena sinus), la cual es endémica al Alto Golfo. La vaquita es verdaderamente un mamífero marino muy extraño. Descrito en 1958, cuando muy pocos especímenes habían sido estudiados. La ocurrencia de especímen vaquita atrapada en redes agalleras en el Alto Golfo comenzó a señalar alerta en grupos conservacionistas mexicanos e internacionales.
A principios de los noventa, la población de la vaquita era estimada en menos de quinientos. La vaquita fue clasificada una especie en peligro de extinción, y la Comisión Internacional de Ballenas la etiquetó como uno de los mamíferos marinos con más alta prioridad en conservación en el mundo. Fue entonces cuando el Gobierno Federal Mexicano creó, mediante la Secretaría de Pesca, el "Comité Técnico para la Preservación de la Totoaba y la Vaquita" (Comité Técnico para la Preservación de la Totoaba y la Vaquita), con el propósito de evaluar y estudiar este caso, para así poder recomendar medidas adecuadas para la conservación de ambas especies en peligro de extinción.

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